正高级职称人员

基本介绍

李伟忠 教授
生物信息学、精准医学大数据
博士导师,硕士导师
生物信息学
广州市中山二路74号中山大学北校区永生楼5楼精准医学生物信息实验室
liweizhong@mail.sysu.edu.cn

个人简介:

李伟忠,中山大学百人计划2016年国外引进高层次人才,中山大学中山医学院和精准医学科学中心教授、博士生导师,承担国家重点研发计划专项课题“精准医学大数据的整合与注释”,现任广东生物信息学会副理事长,中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会委员。曾任欧洲生物信息研究所(EMBL-European Bioinformatics Institute,英国剑桥)高级软件工程师 (2009-2016)。在Nucleic Acids ResearchMolecular Systems BiologyPNASBioinformatics等国际生物信息领域权威期刊发表论文20多篇,其中专著两部,总他引SCI 4000Google Scholar 1万。担任 Nucleic Acids ResearchBioinformatics, Database (Oxford)等国际权威期刊评审。

国外期间,曾设计和实施欧洲生物信息研究所以高性能计算为基础的核心生物大数据分析应用大平台,服务超过180个国家和地区;建立了全球最完整的生物序列专利数据库群;设计开发的蛋白序列精确迭代检索引擎 PSI-Search;深度参与国际重大生物信息项目,如国际蛋白数据库 UniProt、国际核酸数据库 ENA/GenBank、基因组数据库 Ensembl Genomes、多序列比对工具 Clustal Omega、大分子功能注释工具InterProScan,为世界范围的生物医学大数据建设和共享作出了积极贡献。

2016年回国,李伟忠主要从事面向精准医学大数据的研究,包括生物医学数据的整合和注释、精准高效检索、大型软件工作流开发、以及相关应用大平台。
实验室网站:http://lilab.sysu.edu.cn/

重要学术研究成果与贡献:

国外期间,主要在生物信息学领域的大数据平台、大型数据库群、创新算法和大型国际合作项目四方面做出了贡献。曾设计和实施欧洲生物信息研究所以高性能计算为基础的核心生物大数据分析应用大平台,建立了全球最完整的生物组学专利数据库群,创新性设计开发的组学数据精确迭代检索引擎 PSISearch,领跑国际生物序列迭代检索的研究,深度参与国际重大生物信息项目,为世界范围的生物医学大数据建设和共享作出了积极贡献。具体如下:

1)生物大数据平台方面,设计和实施了欧洲生物信息研究所以高性能计算为基础的生物信息大数据核心应用大平台。该平台是欧洲生物信息研究所最重要的核心大平台之一, 被同行和用户评价为最闪亮的生物信息平台之一。第一作者论文刊登在2015年的 Nucleic Acids Research (IF 10.162)生物信息顶级期刊上,发表两年来SCI他引超120次, Google Scholar 引用209

2)大型数据库群方面,建立了全球最完整的专利组学数据库群,推动了生命组学数据在生物科技和研究领域的广泛应用。这是与世界四大专利局(美国专利与商标局、欧洲专利局、日本专利局及韩国专利局)的大型数据整合项目。两篇第一作者文章分别刊登在 Nucleic Acids Research IF 10.162)和 Database (Oxford)IF 3.29) 生物信息领域权威期刊上。

3)新型算法方面,曾创新性地独立设计的生物组学数据的精确迭代检索引擎 PSISearch,近期合作开发新版本,成为生物序列迭代检索的国际领跑者。第一作者文章和合作新论文分别刊登在 2012年的BioinformaticsIF 7.307)上和2017年的核算研究(IF 10.162,第2/3名作者)上。

4)深度参与国际大型生物信息项目,为世界范围的生物大数据建设和共享作出了积极贡献,同时为在中国建设大型生物信息项目积累了宝贵经验。 7篇合作论文分别刊登在 Nucleic Acids ResearchIF 10.162)和Molecular System Biology (IF 9.75)Bioinformatics (IF 7.307)权威期刊上,总引超过数千次 (Google Scholar)

回国成果和贡献请参考 http://lilab.sysu.edu.cn/

学术论著与教材:

Selected Publication (SCI总引用~4000, Google总引用  过1万, i10-index 17)
按时间倒序排列如下
:

 

Pearson WR, Li W, Lopez R. Query-seeded iterative sequence similarity searching improves selectivity 5-20-fold. Nucleic Acids Res. 2016 Dec . PMID: 27923999.

Li W, Cowley A, Uludag M, Gur T, McWilliam H, Squizzato S, Park YM, Buso N, Lopez R. The EMBL-EBI bioinformatics web and programmatic tools framework. Nucleic Acids Res. 2015 Jul;43(W1) W580-4. PMID: 25845596

 

Sievers F, Wilm A, Dineen D, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M,  Söding J, Thompson JD, Higgins DG. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. Mol Syst Biol. 2011;7 539. PMID: 21988835

 

UniProt Consortium. UniProt: a hub for protein information. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue) D204-12. PMID: 25348405

 

Li W, McWilliam H, de la Torre AR, Grodowski A, Benediktovich I, Goujon M, Nauche S, Lopez R. Non-redundant patent sequence databases with value-added annotations at two levels. Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue) D52-6. PMID: 19884134

 

 Li W, McWilliam H, Goujon M, Cowley A, Lopez R, Pearson WR. PSI-Search: iterative HOE-reduced profile SSEARCH searching. Bioinformatics. 2012 Jun;28(12) 1650-1651. PMID: 22539666

 

 Goujon M, McWilliam H, Li W, Valentin F, Squizzato S, Paern J, Lopez R. A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI. Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue) W695-9. PMID: 20439314

 

 McWilliam H, Li W, Uludag M, Squizzato S, Park YM, Buso N, Cowley AP, Lopez R. Analysis Tool Web Services from the EMBL-EBI. Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(Web Server issue) W597-600. PMID: 23671338

 

Jones P, Binns D, Chang HY, Fraser M, Li W, McAnulla C, McWilliam H, Maslen J, Mitchell A, Nuka G, Pesseat S, Quinn AF, Sangrador-Vegas A, Scheremetjew M, Yong SY, Lopez R, Hunter S. InterProScan 5: genome-scale protein function classification. Bioinformatics. 2014 May;30(9) 1236-1240. PMID: 24451626

 

Li W, Gracey AY, Mello LV, Brass A, Cossins AR. ExprAlign--the identification of ESTs in non-model species by alignment of cDNA microarray expression profiles. BMC Genomics. 2009;10 560. PMID: 19939286

 

Li W, Kondratowicz B, McWilliam H, Nauche S, Lopez R. The annotation-enriched non-redundant patent sequence databases. Database (Oxford). 2013;2013 bat005. PMID: 23396323

 

Silvester N, Alako B, Amid C, Cerdeño-Tárraga A, Cleland I, Gibson R, Goodgame N, Ten Hoopen P, Kay S, Leinonen R, Li W, Liu X, Lopez R, Pakseresht N, Pallreddy S, Plaister S, Radhakrishnan R, Rossello M, Senf A, Smirnov D, Toribio AL, Vaughan D, Zalunin V, Cochrane G. Content discovery and retrieval services at the European Nucleotide Archive. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue) D23-9. PMID: 25404130

 

Squizzato S, Park YM, Buso N, Gur T, Cowley A, Li W, Uludag M, Pundir S, Cham JA, McWilliam H, Lopez R. The EBI Search engine: providing search and retrieval functionality for biological data from EMBL-EBI. Nucleic Acids Res. 2015 Jul;43(W1) W585-8. PMID: 25855807

 

Pakseresht N, Alako B, Amid C, Cerdeño-Tárraga A, Cleland I, Gibson R, Goodgame N, Gur T, Jang M, Kay S, Leinonen R, Li W, Liu X, Lopez R, McWilliam H, Oisel A, Pallreddy S, Plaister S, Radhakrishnan R, Rivière S, Rossello M, Senf A, Silvester N, Smirnov D, Squizzato S, ten Hoopen P, Toribio AL, Vaughan D, Zalunin V, Cochrane G. Assembly information services in the European Nucleotide Archive. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue) D38-43. PMID: 24214989

 

McWilliam H, Valentin F, Goujon M, Li W, Narayanasamy M, Martin J, Miyar T, Lopez R. Web services at the European Bioinformatics Institute-2009. Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue) W6-10. PMID: 19435877

 

Gracey AY, Fraser EJ, Li W, Fang Y, Taylor RR, Rogers J, Brass A, Cossins AR. Coping with cold: An integrative, multitissue analysis of the transcriptome of a poikilothermic vertebrate. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Nov;101(48) 16970-16975. PMID: 15550548

 

Williams DR, Epperson LE, Li W, Hughes MA, Taylor R, Rogers J, Martin SL, Cossins AR, Gracey AY. Seasonally hibernating phenotype assessed through transcript screening. Physiol Genomics. 2005 Dec;24(1) 13-22. PMID: 16249311

 

Gonzalez SF, Chatziandreou N, Nielsen ME, Li W, Rogers J, Taylor R, Santos Y, Cossins A. Cutaneous immune responses in the common carp detected using transcript analysis. Mol Immunol. 2007 Mar;44(7) 1664-1679. PMID: 17049603.

 


Book Chapters:


Lopez R, Cowley A, Li W, McWilliam H. Using EMBL-EBI Services via Web Interface and Programmatically via Web Services. Curr Protoc Bioinformatics. 2014;48 3.12.1-50. PMID: 25501941


Li W, Olohan L, Williams D, Hughes M, Gracey A, Cossins A. Application of ESTs in microarray analysis. Methods Mol Biol. 2009;533 289-309. PMID: 19277566. 

获奖及荣誉:

中山大学百人计划二期

学术兼职:

广东省生物信息学会副会长
Precision Clinical Medicine 期刊编委
Nucleic Acids Research(IF 10.2)期刊评审
Bioinformatics(IF 7.3)期刊评审
Database(Oxford ) 期刊评审
欧洲计算生物学大会(ECCB)成果展示评审
国际分子生物智能系统大会 (ISMB) 会员
中国人工智能学会生物信息与人工生命专委会委员
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学学会员
曾任
- 国际蛋白联盟 UniProt Consortium 成员
- 国际核酸联合会( INSDC )欧洲分部成员
- 协和医科大学医学院客座教授 (2015年)

其 他:

课题:
国家重点研发专项课题:精准医学大数据的整合与注释(2016-2020, 500万)
国自然面上项目:生命组学数据的反向检索

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