个人简介:

        现任中山大学中山医学院教授,博士生导师。2005年毕业于武汉大学生命科学学院获得理学学士学位。2010年毕业于中国科学院昆明动物研究所获得遗传学博士学位(师从宿兵研究员)。2010至2016年分别在美国爱荷华大学(2010~2012)和加州大学洛杉矶分校(2013~2016Yi Xing教授实验室从事生物信息学方向博士后研究。 2016年获聘中山大学“百人计划”引进人才。 
        主要研究兴趣是利用高通量测序技术结合生物信息学、基因组学和分子生物学的方法研究RNA 转录后调控的机理及其在癌症发生中的作用。
        目前已经以第一作者或共同第一作者身份在Nature Methods (IF: 25.3)Cell Stem Cell (IF: 22.4)Molecular Biology and Evolution (IF: 13.6)Genome Biology (IF: 11.3)Human Molecular Genetics (IF: 6.0)等杂志发表论文9篇。

 

导    师:博士导师,硕士导师

学科专业:生物信息学

重要学术研究成果与贡献:

        m6A RNA甲基化是在mRNAlincRNA中广泛存在并且可以被去甲基化酶清除的RNA修饰,在哺乳动物中,超过7000个蛋白质编码基因所转录的mRNA含有m6A甲基化修饰,然而这些m6A修饰的功能并不十分清楚。本人与合作者通过对哺乳动物胚胎干细胞的m6A组学以及功能研究发现m6A在胚胎干细胞中动态变化并且在干细胞分化中发挥了关键作用 (Cell Stem Cell, 2014)。
        由于m6A的动态变化主要表现为甲基化程度的变化,而现有的技术都不能在基因组水平对m6A进行精确和绝对定量,也没有技术能够区分m6A发生在哪些特定的转录本异构体(isoform)上,技术上的欠缺严重阻碍了该领域的继续发展。本人与合作者通过对已有的m6A-seq技术的改进发明了第一种能够对m6A进行全基因组精确和绝对定量的方法(m6A-LAIC-seq)。我们通过新技术首次发现m6A广泛发生于使用近端Poly(A)加尾信号的mRNA上,m6A的这种全新的模式使得它能够与miRNARNA结合蛋白协同作用从而更加精细地对RNA进行转录后调控(Nature Methods, 2016)。

学术论著与教材:

    * 并列第一作者; # 通讯作者
 

Zhou C*, Molinie B*, Daneshvar K, Pondick JV, Wang J, Wittenberghe NV, Xing Y, Giallourakis CC#, Mullen AC#. (2017). Genome-Wide Maps of m6A circRNAs Identify Widespread and Cell-Type-Specific Methylation Patterns that Are Distinct from mRNAs. Cell Reports, 20(9), 2262–2276.  (IF=8.3)
 

Wang J, Pan Y, Shen S, Lin L, Xing Y#. (2017). rMATS-DVR: rMATS discovery of Differential Variants in RNA. Bioinformatics 33(14), 2216-2217.  (IF=5.8)

Molinie B*, Wang J*, Lim KS, Hillebrand R, Lu ZX, Wittenberghe NV, Howard BD, Daneshvar K, Mullen AC, Dedon P, Xing Y#, Giallourakis CC#. (2016) m6A-LAIC-seq reveals the census and complexity of the m6A epitranscriptome. Nature Methods, 13(8):692-698. (IF=25.3)  


Batista PJ*, Molinie B*, Wang J*, Qu K, Zhang J, Li L, Bouley DM, Lujan E, Haddad B, Daneshvar K, Carter AC, Flynn RA, Zhou C, Lim KS, Dedon P, Wernig M, Mullen AC, Xing Y#, Giallourakis CC#, Chang HY# (2014) m6A RNA modification controls cell fate transition in mammalian embryonic stem cells. Cell Stem Cell 15(6): 707–719. (IF=22.4)

Wang J*, Lu ZX*, Tokheim C, Miller SE, Xing Y#. (2015) Species-specific exon loss in human transcriptomes. Molecular Biology and Evolution 32(2): 481-94. (IF=13.6)

Lin L*
#, Jiang P*, Park JW*, Wang J*, Lu ZX, Lam MPY, Ping P, Xing Y#. (2016) The contribution of Alu exons to the human proteome.Genome Biology 28;17(1):15  (IF=11.3) 

Wang J*, Ma MCJ*, Mennie AK*, Pettus JM, Xu Y, Lin L, Traxler MG, Jakoubek J, Atanur SS, Aitman TJ, Xing Y#, Kwitek AE#. (2015) Systems biology with high-throughput sequencing reveals genetic mechanisms underlying the metabolic syndrome in the Lyon hypertensive rat. Circulation: Cardiovascular Genetics 8(2):316-326. (IF=3.7)

Zhao Y*, Ji S*, Wang J*, Huang J#, Zheng P# (2014) mRNA-Seq and microRNA-Seq whole-transcriptome analyses of rhesus monkey embryonic stem cell neural differentiation revealed the potential regulators of rosette neural stem cells. DNA Research 21(5): 541–554. (IF=5.3)

Li M*, Huang L*, Wang J*, Su B#, Luo X-J# (2016) No association between schizophrenia susceptibility variants and macroscopic structural brain volume variation in healthy subjects. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet.  171B(2):160-8. (IF=3.4)

Wang J*, Cao X*, Zhang Y, Su B#. (2012) Genome-wide DNA methylation analyses in the brain reveal four differentially methylated regions between humans and non-human primates. BMC evolutionary biology 12(1): 144. (IF=3.4)

Wang J, Li Y, Su B#. (2008) A common SNP of MCPH1 is associated with cranial volume variation in Chinese population. Human Molecular Genetics 17(9): 1329-1335. (IF=6.0)

Li M, Huang L, Li K, Huo Y, Chen C, Wang J, Liu J, Luo Z, Chen C, Dong Q, Yao YG, Su B, Luo XJ#(2016) Adaptive evolution of interleukin-3 (IL3), a gene associated with brain volume variation in general human populations.  Human Genetics. 135(4):377-92.  (IF=5.1)

Luo X-J, Li M, Huang L, Nho K, Deng M, ... Wang J, … Su B#. (2012) The Interleukin 3 Gene (IL3) Contributes to Human Brain Volume Variation by Regulating Proliferation and Survival of Neural Progenitors. PLoS ONE 7: e50375. (IF=3.1)

Kim J, Zhao K, Jiang P, Lu ZX, Wang J, Murray JC, Xing Y#. (2012) Transcriptome landscape of the human placenta. BMC genomics 13: 115. (IF=3.9)

Niu AL, Wang YQ, Zhang H, Liao CH, Wang J, Zhang R, Che J, Su B#. (2011) Rapid evolution and copy number variation of primate RHOXF2, an X-linked homeobox gene involved in male reproduction and possibly brain function. BMC evolutionary biology 11: 298. (IF=3.4)

Luo XJ, Diao HB, Wang J, Zhang H, Zhao ZM and Su B#. (2008) Association of haplotypes spanning PDZ-GEF2, LOC728637 and ACSL6 with schizophrenia in Han Chinese. J Med Genet, 45(12), 818-826. (IF=5.7)

 

Zhou L, Wang J, Yi Q, Wang YZ, Zhu YG and Zhang ZH#. (2007) Quantitative trait loci for seedling vigor in rice under field conditions. Field Crop Res 100: 294-301. (IF=2.9)

其 他:

        欢迎具有生物信息学、生物化学和分子生物学、基础医学、计算机科学、生物统计学等相关背景且热爱科学研究的同学报考硕士和博士研究生。(报考前请通过电子邮箱与本人联系)
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